在位于东京都西部、总人口约230万的巨大都市中，有一座被称为“学园都市”的地方。由于该城市约80%的人口是学生，因此得名。在这里，学生们通过特殊的课程接受超能力开发训练，并根据定期的“身体检查（System Scan）”结果，将能力从“无能力（Level 0）”到“超能力（Level 5）”分为六个等级。其中，站在顶点的是七位被称为“超能力者（Level 5）”的最强者。 御坂美琴便是其中之一。她是能够自由操纵电力的“电击使（Electromaster）”，拥有“超电磁炮（Railgun）”的别名，就读于名门女子学校常盘台中学，是一名14岁的女中学生。她与后辈、风纪委员（Judgment）成员白井黑子，以及其他伙伴们一起，度过着平和而略显奇特的学园都市日常生活。本作描绘了这些能力者少女们平凡而独特的日常生活。

在位于东京都西部、总人口约230万的巨大都市中，有一座被称为“学园都市”的地方。由于该城市约80%的人口是学生，因此得名。在这里，学生们通过特殊的课程接受超能力开发训练，并根据定期的“身体检查（System Scan）”结果，将能力从“无能力（Level 0）”到“超能力（Level 5）”分为六个等级。其中，站在顶点的是七位被称为“超能力者”的Level 5能力者。 御坂美琴便是其中之一。她是能够自由操纵电力的“电击使（Electromaster）”，拥有“超电磁炮（Railgun）”的别名，就读于名门女子学校常盘台中学，是一名14岁的女中学生。她的后辈、风纪委员（Judgment）成员白井黑子，以及黑子的同事、仰慕大小姐的初春饰利，还有热衷于都市传说的朋友佐天泪子，与美琴一起度过着平和而略显奇特的学园都市日常生活。然而，某天，学园都市的“黑暗”突然向美琴逼近……

一年一度的盛大活动“大霸星祭”即将来临。这是一场为期七天的盛大体育节，能力者们以学校为单位展开激烈的比拼。期间，学园都市的部分区域对公众开放，活动盛况向全世界直播。在这热闹的活动前夕，所有人都情绪高涨，却未曾察觉到在这华丽舞台的背后，某些暗流正悄然涌动……